Šiandien pakalbėkime apie pagrindinį PGR eksperimentų elementą – eksploatacines medžiagas. Kaip dažnas PGR lankytojas, būtina suprasti su PGR vartojimo reikmenimis susijusias savybes ir terminiją.
Rinkoje yra daug įvairių PGR eksploatacinių medžiagų, įskaitant prekių ženklus, specifikacijas, spalvas ir kt., kurios yra akinančios. Supraskime tai žingsnis po žingsnio.
pcr plokštelė
1. Medžiagos
Paprastai PGR eksploatacinių medžiagų žaliava yra polipropilenas. Tai gera karščiui atspari inertinė medžiaga. Darbinės temperatūros diapazonas yra nuo -30 iki 140 laipsnių, todėl jis gali atlaikyti šiluminės energijos pokyčius PGR reakcijos terminio ciklo metu ir atlieka gerą vaidmenį sandarinant ir apsaugant medžiagas PGR reakcijos sistemoje.
Sužinokite daugiau apie polipropileną
2. Spalva
Įprasti yra balti mėgintuvėliai ir skaidrūs PGR vamzdeliai. Tradiciniuose PGR eksperimentuose nėra skirtumo tarp šių dviejų. Tačiau tame pačiame realaus laiko / qPCR eksperimente balti vamzdeliai buvo santykinai jautresni ir atitiko qPCR prietaisus su viršūninio signalo nuskaitymu (žr. A ir B paveikslus toliau). kodel taip yra?
pcr vamzdis
A: mažesnės baltų vamzdelių Ct vertės, palyginti su skaidriais; B: geresnis pakartojamumas su baltais vamzdeliais.
Pagrindiniai qPCR duomenys yra Ct vertė, o fluorescencinis signalas yra duomenų šaltinis Ct vertei apskaičiuoti, todėl labai svarbu, ar fluorescencija mėgintuvėlyje gali būti visiškai perduodama į detektorių. Balta vamzdelio sienelė neleidžia fluorescencijai prasiskverbti pro vamzdelio sienelę ir lūžti (A pav. toliau), taip neleidžiant fluorescencijai persikelti į šildymo bloką (ty metalinės skylės sienelę, kurioje yra vamzdelis) ir sugerti. arba nenuosekliai atspindi blokas. Balto vamzdelio gale buvo surinktas stipresnis ir labiau koncentruotas fluorescencinis signalas, palyginti su skaidriu vamzdžiu (B paveikslas žemiau).
pcr vamzdis
A: kintanti fluorescencinio signalo tendencija skaidriame vamzdyje ir baltame vamzdyje; B: fluorescencijos intensyvumo palyginimas pridėjus tą patį fluoresceino kiekį.
Taigi, jei naudojate aukščiausios kokybės qPCR prietaisą, išbandykite baltus vamzdelius.
3. Kokybė (liesa ar ne liesa)
Čia pabrėžiama vartojimo prekių kokybės svarba. qPCR eksploatacinėse medžiagose neturi būti teršalų ir inhibitorių. Aukštas slėgis ir spinduliuotė pašalina bakterijas ir DNazes, bet ne dulkes ir DNR likučius, kurie gali slopinti PGR reakcijas arba sukelti nespecifinę amplifikaciją. Medžiagos turi absorbciją ir net maži teršalai sugers fluorescenciją reakcijos sistemoje ir paveiks fluorescencinių signalų rinkimą. Perdėta eksperimento versija buvo naudojama norint parodyti užteršimo priemaišomis poveikį eksperimentui. Kaip parodyta paveikslėlyje žemiau, priemaiša buvo patalpinta į vieną iš oktavos reakcijos šulinių. Kaip ir tikėtasi, amplifikacijos kreivės parodė ryškias anomalijas.
Priemaišos PGR reakcijos mėgintuvėliuose
↑ Priemaišos reakcijos vamzdyje
8 juostelės
↑ Pakartotiniai reakcijos rezultatai 8 mėgintuvėliams, kairiojo šulinio priemaiša "nukrypsta" nuo kreivės.
Priminimas: būkite atsargūs, kad eksploatacinės medžiagos ilgą laiką nepatektų į orą. Išėmę eksploatacines medžiagas, būtinai greitai užsandarinkite pakavimo maišelį, kad neliestumėte jo plikomis rankomis. Jei įmanoma, dirbkite ant švaraus suoliuko.
4. Talpa / dydis / srautas
Tūris nustato, kiek mėginio (reakcijos tūrio) galima įkelti. Perdozavus gali sumažėti šilumos perdavimo efektyvumas, išsiliejimas arba kryžminis užteršimas; per mažas dozavimas gali sukelti išgaravimo mėginio praradimą. qPCR prietaiso šildymo blokas taip pat nustatys tinkamas eksploatacines medžiagas ir taikomą reakcijos sistemos dydį. Pralaidumą lengva suprasti, tai didžiausias mėginių skaičius, kurį galima įkelti į vieną eksperimentą. Bendros talpos ir srauto specifikacijos pateiktos toliau esančioje lentelėje:
Vienas mėgintuvėlis / aštuonios eilės {{0}},2 ml, 0,1 ml
{{0}}šulinėlių plokštelė 0.2mL, 0.1mL
{{0}}šulinėlių plokštelė 0,2 ml
Talpos specifikacijos taip pat paprastai skirstomos į standartinius ir mažus tipus, kaip parodyta toliau. Žemo profilio eksploatacinės medžiagos turi mažesnį aukštį. Ši trumpa konstrukcija sumažina erdvę virš reakcijos sistemos („negyvas tūris“ – nenaudinga dalis), sumažina garavimo poveikį terminio ciklo metu ir leidžia šildymo moduliui labiau apsivynioti, kad būtų pagerintas šilumos perdavimo efektyvumas. Todėl žemo profilio vamzdžiai taip pat žinomi kaip „greitai“ vamzdžiai arba plokštės.
pcr vamzdis
Priminimas: dažniausiai naudojamas reakcijos tūris yra 20 µL, todėl rekomenduojama naudoti mažo tūrio 0,1 ml arba mažo tūrio reakcijos mėgintuvėlį.
5. Sienelės storis
Vamzdžio sienelės storis tiesiogiai veikia šilumos laidumą. PGR eksploatacinės medžiagos turi būti vienodo sienelės storio, kad būtų užtikrintas pastovus šilumos perdavimas. Itin plona vamzdžio sienelė yra 50 procentų plonesnė nei standartinė versija, o tai dar labiau sumažina šilumos barjerą ir suteikia greitesnį bei geresnį atsaką. Todėl, siekiant maksimaliai padidinti PGR reakcijų efektyvumą ir užtikrinti stabilias bei efektyvias reakcijas, vienodos ir itin plonos PGR eksploatacinės medžiagos yra geriausias pasirinkimas.
6. Skaidrumas
Dangteliai ir sandarinimo plėvelės, skirtos qPCR, reikalauja didelio optinio aiškumo, kad būtų užtikrintas optimalus fluorescencinių signalų įsiskverbimas ir perdavimas, kartu sumažintas iškraipymas (viršaus nuskaitymo qPCR prietaisams). Kuo didesnis vamzdžio sienelės skaidrumas, tai gali turėti įtakos eksperimento rezultatams. Priežastis buvo paaiškinta aukščiau. Tradicinis PGR gali nepaisyti šios funkcijos.
7. Sijonai
PGR plokštelės sienelė nurodo periferinį plokštelės išplėtimą. Statant reakcijos sistemas, sijonas veikia kaip stabili pipetavimo procesų atrama ir užtikrina mechaninį stiprumą bei sukibimą kartu su automatizuotomis darbo vietomis. Yra trys įprasti sijonų tipai: pussijonai ir pilni sijonai (atitinka A, B ir C toliau esančiame paveikslėlyje).
Be sijonų: gali būti naudojamas su daugeliu PGR arba qPCR prietaisų, bet ne automatizuotoms programoms. Lengvai judinamas pipetuojant, nelabai stabilus, reikia naudoti su plokštelės laikikliu.
Pussijonai: Idealiai tinka automatizuotiems darbams, turintiems gerą pipetavimo stabilumą.
Visa sijono plokštė: idealiai tinka automatizuotoms programoms. Geras mechaninis stiprumas, tinka PGR instrumentams su išsikišusiais moduliais, didelis stabilumas pipetuojant.
pcr plokštė
Patarimai: sijono reikšmė yra labiau palengvinanti industrializaciją ir automatizuotą paketinį apdorojimą kartu su robotine ranka. Tradicinėse tyrimų laboratorijose jo gali ir neprireikti, neužtenka jokio sijono.
pcr plokštė
8. Parafilmas
PGR plokštės sandarinimo plėvelė pagaminta iš skaidraus plastiko arba aliuminio folijos. Lipnios skaidrios plėvelės yra labiau paplitusios, tinkamos 96 arba 384 šulinėlių plokštėms ir turėtų turėti pakankamai gerą šviesos pralaidumą. Sandarinant plėvelę, maža kortele bus prispaudžiama plėvelė aplink sandarinimo angą, kad būtų išvengta oro nuotėkio.
Lipnios aliuminio plėvelės gali būti mažiau paplitusios. Nors ir netinka qPCR, tai ideali medžiaga šviesai jautriems mėginiams. Kadangi jį galima perforuoti, jis palengvina mėginio perdavimą PGR (įprastam PGR).
PGR plokštės sandarinimo plėvelė
Apibendrinti
Kaip PGR sistemos nešėjas, eksploatacinės medžiagos yra labai svarbios siekiant pagerinti eksperimentinių duomenų kokybę. Tikiuosi, kad šis pasidalijimas padės suprasti kai kuriuos patarimus dėl PGR eksploatacinių medžiagų ir padės geriau pasirinkti eksploatacines medžiagas.